É sede de um município com 164,92 km² de área, subdividido em 8 freguesias. O município é composto por duas partes divididas pela Ria de Aveiro: uma parte continental e uma porção do cordão dunar da Costa Nova. É limitado a norte pelo município de Ílhavo, a nordeste por Aveiro, a leste por Oliveira do Bairro, a sueste por Cantanhede, a sudoeste por Mira e a oeste o litoral no oceano Atlântico. O concelho de Vagos está dividido em 8 freguesias: Calvão; Fonte de Angeão e Covão do Lobo; Gafanha da Boa Hora; Ouca; Ponte de Vagos e Santa Catarina; Santo André de Vagos; Sosa; Vagos e Santo António.

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