É sede de um município com 266,11 km² de área, subdividido em 11 freguesias. O município é limitado a norte pelo rio Douro e pelo município de Alijó, a nordeste por Carrazeda de Ansiães, a leste por Vila Nova de Foz Côa, a sueste por Penedono, a sul por Sernancelhe, a oeste por Tabuaço e a noroeste por Sabrosa. O concelho de São João da Pesqueira está dividido nas seguintes 11 freguesias: Castanheiro do Sul; Ervedosa do Douro; Nagoselo do Douro; Paredes da Beira; Riodades; São João da Pesqueira e Várzea de Trevões; Soutelo do Douro; Trevões e Espinhosa; Vale de Figueira; Valongo dos Azeites; Vilarouco e Pereiros.